Alors que Son Gokû finit l'entraînement d'Oob et s'apprête à rentrer chez lui, Pilaf dérobe les Dragon Balls et invoque Shenron. Gokû s'en aperçoit et lui demande d'arrêter, mais Pilaf songe alors : « Si seulement il était encore petit... » et Shenron l'exauce. Son Gokû reprend son apparence d'enfant et, sous peine de voir la Terre exploser, doit partir à la recherche des Dragon Balls éparpillés dans tout l'univers.
Son Gokû, Trunks et Pan partent dans l'espace pour retrouver les Dragon Balls à étoiles noires créées par Le Grand Roi. Le démon Piccolo, avant qu'il ne se sépare du Tout Puissant, Celles ci se déplacent dans l'univers, contrairement aux Dragon Ball normales.
La première partie du voyage se déroulent sans encombre. En chemin, ils croiseront un robot(qu'ils baptiseront Gill) qui absorbera le Dragon Radar. Par la suite, Gill les aidera à chercher les Dragon Ball.
Sur la planète M2, planète d'origine de Gill, ils affrontent Baby la dernière invention du Dr Myuu. Grâce à un habile stratagème, Gokû, Trunks et Pan réussissent à retrouver Baby. Gokû, Trunks et Pan mettent la main sur l'avant dernier Dragon Ball alors que Baby se dirige vers la Terre, ayant appris que les autres Saiyens s'y trouvaient. Sur terre, Baby affrontera et possédera les Saiyens du plus faible au plus fort : Goten, Gohan et puis Végéta. Baby s'installera définitivement dans le corps de Végéta après avoir révélé son identité : il est un des survivants de la race des Tsufurs, exterminés par les Saiyens sur la planète Végéta. Baby se venge des Saiyens. Gokû, Trunks et Pan restent environ un an dans l'espace et rentrent sur Terre avec les Dragon Balls.
Cependant Baby contrôle la quasi totalité de la population, y compris Dende et Mr Popo. Seuls, Satan, Majin Buu et Oob ont échappé au monstre. Baby retourne Goten et Gohan contre leur père puis intervient dans le corps de Végéta. Bien trop fort pour Gokû, resté petit et moins puissant (son corps ne tient plus la transformation en Super Saiyen 3), le saïyen voit sa fin arriver. Alors que tout espoir est perdu, Kaioshin apparaît et le téléporte au Kaioshin Kai. Le vieux Kaioshin a une idée : révéler les pouvoirs latents de Gokû en faisant repousser sa queue.
Sur Terre, Baby utilise les Dragon Balls à Étoiles Noires, recrée Plant, sa planète natale, et y envoie tous les terriens. Pan tente de faire redevenir normal les gens sous le contrôle de Baby : Gohan, Chichi, Trunks, Videl... Alors que Gohan va s'en prendre a Pan, Oob intervient et affronte Baby. Le monstre utilise moins de la moitié de sa puissance contre le jeune terrien et prend rapidement l'avantage. Alors que Oob est sur le point de se faire tuer, Majin Buu intervient.
Pour vaincre Baby, Majin Buu se fond en Oob lui confèrent toute sa puissance : Super Oob est né. Fort de ses nouveaux pouvoirs, le terrien affronte Baby qui semble avoir beaucoup plus de mal. Il renvoie cependant le Rayon Chocolat et Oob se transforme en chocolat. Gokû intervient et se transforme en Super Saiyen 3. Malgré sa queue de singe, Gokû n'est pas de taille. Projeté au sol, il regarde la Terre une dernière fois et, comme autrefois avec la Lune, il se transforme en gorille géant et ravage tout. Pan reconnaît son grand-père et tente de le raisonner. Gokû finit par se calmer et retrouve sa raison. Le singe géant prend alors une autre forme : Gokû atteint le stade de Super Saiyen 4. Cette fois, Baby est incapable de tenir tête à Gokû. Bulma, à l'aide d'une de ses inventions, augmente la puissance de Baby qui se transforme à son tour en gorille géant. Gokû vient finalement à bout de son adversaire et coupe la queue de Végéta qui reprend forme normale. Baby s'échappe du corps de Végéta et file en vaisseau spatial. Gokû l'envoie dans le soleil par un Kamehameha. Kaoishin, grâce à l'eau sacrée, libère les terriens de l'emprise de Baby.